ehemalige zwischen Großer und Kleiner Brüdergasse an der Sophienstraße gelegene Kirche, die aus dem Franziskanerkloster hervorgegangen war. Die älteste Klosterkirche, ein kleiner einschiffiger flacher Saalbau, wie er für die Bettelorden typisch war, entstand ebenso wie das Kloster vor 1265.
Land- und Markgraf Friedrich der Strenge ließ sie 1351 zu einer zweischiffigen Kirche erweitern und umbauen. Ende des 14. Jahrhunderts ließen sich die Busmann am Südchor eine Grabkapelle bauen, von der die Konsolfiguren mit den zwei Bildnisbüsten der Stifter erhalten sind. Nach 1421 erfuhr die Kirche weitere bauliche Veränderungen. Nach der Reformation wurde der Bau vom Landesherrn als Getreidespeicher und Zeughaus genutzt.
1597 wurde die ehemalige Kirche wieder an den Rat übergeben. Auf Betreiben von Sophie, der Witwe des Kurfürsten Christian I., wurde die Kirche instandgesetzt und 1602 als protestantische Sophienkirche eingeweiht. Sie diente bis 1802 dem protestantischen Adel der Umgebung und dem vornehmen Bürgertum als Begräbniskirche und Begräbnisstätte (Sophienkirchhof). Im Inneren der Sophienkirche wurden im Laufe der Zeit 370 Gräber angelegt, u. a. für Polycarp Leyser (gestorben 1610), Georg von Pflug (gestorben 1642), Juan Maria Nosseni (gestorben 1610), Wolf Caspar von Klengel (gestorben 1691). 1603 wurde unter dem Altar der Sophienkirche auch eine Fürstengruft angelegt. Der Altar wurde 1606 von Nosseni geschaffen. 1720 erhielt die Kirche eine Silbermannorgel. 1737 wurde der protestantische Hofgottesdienst in die Sophienkirche verlegt, nachdem man die Schlosskapelle zum Wohnraum umgestaltet hatte. Die Sophienkirche fungierte seitdem als „Evangelische Hofkirche“. Im gleichen Jahr errichtete Johann Christoph Knöffel den Glockenturm an der Südfront der Kirche. 1864/68 völlige äußere Umgestaltung der Sophienkirche (vor allem die zwei Türme der Hauptfront) im neugotischen Stil. Das alte Renaissancetor (das 1737 von der Schlosskapelle an die Kirche kam) wurde 1872 am Jüdenhof aufgestellt.
Bei Instandsetzungsarbeiten im Jahre 1910 entdeckte man die in mehreren Schichten übereinanderliegenden, z. T. stark zerstörten Grabkammern. Die Grabfunde wurden verkauft, oder sie gelangten ins Stadtmuseum. Die in der Fürstengruft bestatteten Wettiner wurden in den Freiberger Dom überführt. Von den zahlreichen Epitaphien und Grabplatten sind nur wenige heute noch erhalten (im Stadtmuseum, vor allem die Reste des Grabmals Nossenis von Walther und Hegewald). 1910 wurden auch die wertvollen Reliquien des alten Klosters gefunden. Die Sophienkirche brannte 1945 während der Luftangriffe aus. Die rekonstruktionsfähige Ruine wurde in einem Akt von Kulturbarbarei auf Anweisung der SED-Behörden 1962/63 abgetragen. 1964 und 1967, beim Ausheben der Baugrube für die Gaststätte „Am Zwinger“, die sich bis 2007 an der Stelle der Sophienkirche befand, wurden noch einmal 90 Grabkammern freigelegt, wobei wiederum Grabbeigaben und wertvolles Altargerät geborgen werden konnten. Wichtige Fundzusammenhänge und auch einige wertvolle Funde gingen dabei allerdings verloren, da eine sachgerechte Bergung durch die Behörden nicht ermöglicht wurde.
