Das 1272 erstmals erwähnte Kloster lag unmittelbar an der Stadtmauer, am nordwestlichen Ausgang der Großen und Kleinen Brüdergasse. Es dürfte aber bereits vor 1265 von Heinrich dem Erlauchten gegründet worden sein, da in diesem Jahr in der Stadt der sächsische Provinzial des Ordens ein Kapitel abhielt. Gegenüber dem Kloster, in der Großen Brüdergasse, befand sich ein Regelhaus des Klarissenordens. Die Franziskaner selbst besaßen in Dippoldiswalde und Pirna je ein Terminierhaus. 1321 wurde das Franziskanerkloster vergrößert; 1407 durch einen Brand schwer mitgenommen.
Seit 1410 verwaltete der Stadtrat das Franziskanerkloster.
Nach der Reformation (nur noch fünf Mönche im Kloster) übernahm der Rat die Klostergebäude. Die Klosterkirche nutzte der Landesherr. Die Klostergebäude wurden in den folgenden Jahren größtenteils abgetragen. Einige Gebäude dienten bis ins 18. Jh. als Hofbrauhaus.
Wie die Bettelorden in der Regel alle, verfügten die Dresdner Franziskaner praktisch über keine nennenswerten Besitztümer. Eine wichtige Einnahmequelle ergab sich aus dem Begräbnisrecht, das vor allem von den Laienbrüdern der Mönche in Anspruch genommen wurde. In Dresden waren ganze Zünfte (z. B. die Schneider und Schuster) in Bruderschaften der Franziskaner organisiert.
Aus der Klosterkirche ging Anfang des 17. Jahrhunderts die Sophienkirche hervor.