Dresden galt im Dreißigjährigen Krieg als uneinnehmbare Festung. Aus diesem Grund ist die Stadt nie belagert worden, sodass sie von kriegerischen Ereignissen selten berührt wurde. Am 30. September 1631 erschienen 500 kroatische Reiter vor Altendresden. Der beabsichtige Überfall auf den Stadtteil misslang jedoch, da die Einwohner durch einen Deserteur, den Sachsen Jakob Schöne, gewarnt worden waren. Auf ihrem Rückzug zündeten die kaiserlichen Reiter Bühlau und Weißig an. Nach diesem Ereignis postierte man in Altdresden und in den Vorstädten ständige Wachen. Nachdem Anfang 1632 Johann Georg I. mit seinen Truppen die Stadt in Richtung Schlesien verlassen hatte, tauchten im August und September Truppen des Generals Holk vor den Vorstädten auf und griffen sie erfolglos an. Im gleichen Jahr wurde mit dem Bau der Altendresdner Befestigung und dem Bau von Schanzen rings um die Stadt begonnen.
Nach 1635, Kursachsen war in diesem Jahr auf die kaiserliche Seite übergewechselt, erschienen schwedische Truppen in der Umgebung der Stadt. Anfang 1639 floh die Landbevölkerung vor ihnen scharenweise in die Dresdner Festung. Wie der Chronist Weck erwähnte, waren es so viele, „daß alle Tor und Brücken zu enge sein wollten“. Am 25. Juli 1639 fand vor Altendresden ein Gefecht zwischen schwedischen und kaiserlichen Truppen statt. 1642, nachdem die Schweden Leipzig besetzt hatten, fürchtete man eine Belagerung Dresdens, zu der es jedoch nicht kam. Der Waffenstillstand zu Kötzschenbroda vom 27. August 1645 bestimmte u. a., dass die Schweden Dresden im Umkreis von drei Meilen nicht berühren durften. Die kriegsbedingten Zerstörungen hielten sich während dieser Zeit in Grenzen. 1642 stellte man z. B. fest, dass 207 Vorstadthäuser zerstört worden seien.
Schwerwiegendere Folgen hatte der Krieg für die innere Entwicklung der Stadt. Die Bevölkerung, Dresden hatte um 1630 etwa 17.000 Einwohner, litt unter Einquartierungen, Sondersteuern und Kontributionen und wurde außerdem mehrfach zum Schanzenbau herangezogen. Zwischen 1631 und 1643 forderte die Pest Tausende Tote. Die Lebensmittelverknappung führte zu Teuerungen. Zwischen 1618 und 1639 vervierfachte sich z. B. der Kornpreis. Zunehmende Verarmung der Stadtbevölkerung (viele Bettler) und der Verfall des wirtschaftlichen Lebens in Dresden waren kennzeichnend. So ging die Zahl der Meister in wichtigen Handwerken zwischen 1631 und 1647 drastisch zurück: bei den Leinewebern von 90 auf 11, bei den Tuchmachern von 17 auf 5, bei den Fleischern von 66 auf 16 und bei den Bäckern von 42 auf 27. Die Jahrmärkte und der Elbhandel wurden durch die Kriegsereignisse erheblich gestört. Dennoch blieb der Finanzhaushalt der Stadt in diesen Jahren in Ordnung, die Verschuldung hielt sich in engen Grenzen.
Das erklärt zumindest teilweise die relativ schnelle Erholung Dresdens nach 1648, im Gegensatz zu anderen sächsischen Städten. Dazu beigetragen haben allerdings auch die z. T. hochqualifizierten und kapitalkräftigen etwa 1.000 böhmischen Exulanten, die von 1623 bis 1648 in die Stadt kamen.