Die heutige Innere Neustadt wurde erstmals im Lehnbuch Markgraf Friedrichs des Strengen aus dem Jahre 1350 als selbständige Siedlung A., „Antiqua Dressdin“, erwähnt. A. ging auf eine slawische Siedlung zurück, die möglicherweise im 12. Jh. entstanden ist. Die ältesten Siedlungskerne sind dabei auf Grund archäologischer Forschungen in den zwei hochwasserfreien Bereichen der späteren Klostergasse und der Meißner Gasse anzunehmen. Vor dem Bau der Brücke bestand zwischen dem Siedlungskern Klostergasse und der linkselbischen Siedlung um die Frauenkirche eine Fährverbindung. Aus der Tatsache, dass die slawische Besiedlung des Elbtales von Böhmen aus erfolgte, ergibt sich, dass A. jünger als die linkselbische Siedlung war. In der älteren Literatur (z. B. bei J. Ch. Hasche, u. a. noch bei O. Richter) wurde die gegenteilige Ansicht vertreten.
Im Mittelalter befand sich in A. ein Herrenhof, der meistens im Besitz vornehmer Dresdner Bürger war. Am 21. Dezember 1403 verlieh Markgraf Wilhelm I. dem Ort das mit gewissen Einschränkungen versehene Stadtrecht. Das Wappen der um 1500 kaum 1000 Einwohner zählenden Stadt zeigte eine Kiefer mit einem Hirsch. 1404 war das Augustinerkloster gestiftet worden. Die aus dem Sprengel der Frauenkirche herausgelöste Stadt erhielt eine eigene Pfarrkirche, zu den „Heiligen Drei Königen“ (Dreikönigskirche), die 1421 erstmals erwähnt wurde. Mittelpunkt des Ortes war der heutige Neustädter Markt, an dessen Nordseite sich das älteste Rathaus befand. Die unbedeutende Stadt blieb immer im Schatten der unmittelbar benachbarten Stadt Dresden. So besaß sie bis ins 17. Jh. keine Stadtmauer, sondern nur einen Erdwall als Befestigung. 1429 wurde A. von den Hussiten zerstört, 1547 während des Schmalkaldischen Krieges von den Truppen des Kurfürsten Johann Friedrich geplündert.
Am 29. März 1549 verfügte Kurfürst Moritz im Zuge der Erweiterung und Umgestaltung seiner Residenz die Einverleibung A. nach Dresden gegen den Widerstand des A. Rates. Der nunmehrige Dresdner Stadtteil versank jetzt fast völlig in die Bedeutungslosigkeit. Sogar der Wochenmarkt wurde bis 1711 in die linkselbische Stadt verlegt. Von einiger Bedeutung für den Stadtteil war nur der von 1568 bis 1617 erfolgte Bau des Jägerhofes. Während des Dreißigjährigen Krieges versuchten am 30. September 1631 500 kroatische Reiter vergeblich, A. zu erobern. 1632 begann man mit dem Bau der Stadtbefestigung auf der A. Seite der Stadt.
Der verheerende Stadtbrand am 6. August 1685, der vom Hause eines Kunsttischlers in der Meißner Gasse ausging, zerstörte fast ganz A. (336 Häuser) mit Ausnahme des Jägerhofs, des Rathauses und einiger Wohnhäuser. Der Neuaufbau im Sinne städtebaulicher Vorstellungen des Absolutismus zog sich über mehrere Jahrzehnte hin. Grundlage dafür waren die Pläne des Oberlandbaumeisters Wolf Caspar von Klengel. Ein königliches Patent von 1732 nannte den im Neuaufbau befindlichen Stadtteil „Neue Stadt bey Dresden“. Daraus entstand die Bezeichnung Neustadt.
