Als 1813 das Collegium medico-chirurgicum nebst dem chirurgischen Spital und der Entbindungsanstalt aufgelöst wurde, mussten die Lehrkräfte und die bestehenden Sammlungen die Kasernen in der Neustadt verlassen. Da es in der Zeit kriegerischer Auseinandersetzungen unbedingt notwendig war, genügend gut ausgebildete Wundärzte zu haben, musste eine neue Chirurgenschule geschaffen werden. Vom kaiserlich-russischen und königlich-preußischen Generalgouvernement im Königreich Sachsen erhielt der Wittenberger Burkhard Wilhelm Seiler den Auftrag, eine dem Fortschritt der Wissenschaft entsprechende neue Chirurgenschule einzurichten. Am 17. August 1814 gab der Generalgouverneur Nikolai Grigorjewitsch von Repnin-Wolkonski seine Zustimmung zur Wiederaufnahme des Unterrichts. Am 3. Dezember 1814 wurde eine provisorische Lehranstalt für Medizin und Chirurgie eröffnet, die über ein Entbindungsinstitut, eine chirurgische Poliklinik und eine anatomische Anstalt verfügte. Als König Friedrich August I. am 17. Oktober 1815 die neue Königlich-sächsische Chirurgisch-medizinische Akademie gestiftet hatte und ihr das Kurländer Palais überließ, begann nach Seilers Plänen die Reorganisation der medizinischen Anstalten. Das Palais mit seinen Nebengebäuden und das ehemalige Oberzeugwärterhaus wurden so umgebaut, dass Hörsäle, Sammlungen und Klinikräume entstanden. Im Oberzeugwärterhaus befanden sich die Entbindungsanstalt mit der Wohnung des Professors für Geburtshilfe Carl Gustav Carus, das Klinikum für innere Krankheiten, die chirurgische Klinik für Frauen sowie die Wohnräume für Hebammen, Mägde, Aufwärterinnen und den Oberwundarzt. Die Räumlichkeiten des Palais boten Platz für Hörsaal, Klinikum, Bibliothek und Archiv. Eine Erweiterung erfuhr die Chirurgisch-medizinische Akademie am 21. Januar 1817 durch den Anschluss der reorganisierten königlichen Tierarzneischule an die Akademie. In einer Stiftungsurkunde von 1815 wurde der Chirurgisch-medizinischen Akademie ein Gartengrundstück zwischen der Kleinen Schießgasse, dem Pirnaischen Platz, der Moritzallee und der Augustusallee zugewiesen. Auf diesem Gelände begann 1819 die Akademie mit den Vorarbeiten zur Anlage des Botanischen Gartens. 1856 wurde die Tierarzneischule aus dem Verband der Akademie entlassen und seit dem 7. September 1861 die Chirurgisch-medizinische Akademie zur Aufnahme neuer Studenten gesperrt; die endgültige Schließung war am 30. September 1864.