Über die Entstehung der Dresdner A. reichen die geschichtlichen Belege bis ins 15. Jahrhundert zurück. Das erste schriftliche Privileg vom Rat der Stadt erhielt am 12. Juni 1467 Johannes Huffener. Aus diesem „Kramen“, in dem er und seine Frau Konfekt, gestoßene Würze und Kräuter verkaufen durften, sowie welsche und andere „Hochweine“ schenken und die Krämerei betreiben konnten, entstand die erste A., die spätere Marien-Apotheke. Die erste sächsische Gesetzgebung für eine Apothekenreform erließ Kurfürst Moritz im Jahre 1550. Seit dieser Zeit mussten die Apotheker einen Eid leisten, der sie verpflichtete, bei der Bereitung von Arzneimitteln nur „ordentliche Materialien“ einzusetzen, verdorbene Ware zu vernichten und die Gesellen darüber zu vereiden. Zwei Jahre später erscheint nach einer Visitation in der ersten A. die „Apothecken Tax der Stadt Dreszden“. In ihr wurde erstmals für Dresden eine Auswahl des Arzneischatzes, der Preise und der Gewichte dargestellt. Mit dieser Arzneitaxe sollte den Quacksalbern und Kurpfuschern das Handwerk gelegt werden. Im 15. Jahrhundert trennten sich die Apothekenräume in Laboratorium und Offizin (Verkaufsraum).
Mit der territorialen Erweiterung der Stadt, der ständigen Zunahme der Bevölkerung und dem wiederholten Auftreten epidemischer Krankheiten nahm auch die Zahl der A. zu. Bis Mitte des 19. Jahrhunderts hatte die Stadt bei über 100.000 Einwohnern bereits 10 A. Außer der Hof-Apotheke belieferten die 9 anderen sogenannten „alten“ A. von 1859/84 im dreijährigen Wechsel das Stadtkrankenhaus mit Arzneimitteln. Bis 1944 stieg die Zahl der Bevölkerung auf weit über 600.000 Einwohner, denen 65 meistens einfach eingerichtete A. zur Verfügung standen.
Bei der Zerstörung Dresdens im Februar 1945 wurden alle A. des Stadtzentrums vernichtet. Die pharmazeutische Versorgung nach 1945 konnte z. T. nur mit „Notapotheken“ gewährleistet werden.
Es folgten Rekonstruktionen in den bestehenden A. (z. B. Kronen-Apotheke) und die Errichtung neuer Apotheken.